目前的國有控股公司都是國有獨資公司，內部不設股東大會，股東大會的權力由董事會行使。另外還設有黨委會、監事會、職代會、工會等機構。這些機構普遍存在兩個問題：一是功能重疊，職責不清，爭權奪利而又無人負責。二是只要有一個強勢的董事長或總經理，這些機構預先設想的相互制衡將形同虛設，失去控制的功效。
（二）、國有控股公司控制過度與失效并存
國有控股公司控制過度與失效并存的現象在兩個層次上存在：政府對國有控股公司的控制過度與失效并存，母公司對子公司的控制過度與失效并存。
（三）、國有控股公司的治理問題
國有控股公司是一種集團型的企業，其公司治理應屬于集團公司治理。集團中母子公司的關系是建立在母公司對子公司控股的基礎上。由于母子公司有各自法律意義上的獨立性，它們之間完全有可能存在利益目標沖突，加上信息不對稱的客觀存在，集團公司治理的首要任務是設計出實現母公司對子公司有效控制的制度安排。所以，國有控股公司治理的中心問題是設計國有控股公司對子公司的控制機制。如何進行有效的制度設計，來保證母公司對子公司進行有效的控制，是國有控股公司治理成功運作的關鍵。
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